Doxygen è uno strumento per generare documentazione da sorgenti in formato C++ ma supporta anche molti altri linguaggi di programmazione, come C, Objective-C, C#, PHP, Java, Python, IDL (in differenti edizioni), Fortran, VHDL, Tcl ed alcune estensioni del linguaggio D.
Doxygen può generare documentazione in formati differenti: HTML, LaTEX, RTF, Postscript (anche con contenuti ipertestuali) nonchè il formato classico Unix man.
La documentazione è generata estraendo i contenuti a partire dai file sorgenti dei pacchetti cui è abbinata e può includere grafica e diagrammi relazionali.
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